Os pacientes portadores de doenças auto imunes, como artrite reumatóide, esclerose múltipla, lupus eritematoso sistêmico, doença de crohn, etc., não responsivas aos tratamentos imunossupressores convencionais, podem ser candidatos ao transplante autólogo como parte do protocolo de estudo.

Resultados favoráveis foram descritos, e a eficácia terapêutica parece resultar não só da imunossupressão em alta dose, mas também da reformulação do controle imunológico anormal subjacente. Atualmente, estão sendo planejados trabalhos prospectivos randomizados para comparar com os tratamentos convencionais.